সকল মডেল মসজিদের সভাপতি হবেন প্রশাসনের কর্মকর্তারা। ইমামদের নিয়োগ বা বরখাস্ত হতে হবে সরকারের নীতিমালা অনুযায়ী, জানিয়েছেন ধর্ম বিষয়ক উপদেষ্টা ড. আ ফ ম খালিদ হোসেন।

দেশের প্রতিটি মডেল মসজিদের সভাপতি হিসেবে দায়িত্ব পালন করবেন সংশ্লিষ্ট জেলা প্রশাসক (ডিসি) এবং উপজেলা পর্যায়ে উপজেলা নির্বাহী কর্মকর্তা (ইউএনও)। মসজিদ পরিচালনা ও ব্যবস্থাপনায় স্বচ্ছতা ও জবাবদিহিতা নিশ্চিত করতে এই সিদ্ধান্ত নেওয়া হয়েছে। শিগগিরই এ সংক্রান্ত একটি নীতিমালা গেজেট আকারে প্রকাশ করা হবে বলে জানিয়েছেন ধর্মবিষয়ক উপদেষ্টা ড. আ ফ ম খালিদ হোসেন।